为顺应新医改形势，更好地为妇女儿童提供全周期全方位全过程、有温度有情感有人文的医疗保健服务，年连云港市妇幼保健院率先在全省实施大部制改革，整合临床、保健资源，建立妇女保健部、孕产保健部、儿童保健部三大部，推动妇幼健康服务精益化、高质量发展。
妇女保健部
妇女保健部下设妇科（妇女肿瘤、普通妇科、妇女内分泌）、生殖医学科、妇女群体保健科、计划生育科、妇女健康管理科（体检中心）、中医妇科、乳腺保健科、青春期保健、更年期保健等9大业务科室。提供不孕不育症规范诊疗、辅助生殖技术（试管婴儿等），妇女常见病防治、盆底、妇女肿瘤、妇女内分泌疾病诊疗、乳腺保健及疾病诊疗、青春期、更老年期保健、计划生育、女性特色体检、海扶微无创治疗(子宫肌瘤、子宫肌腺症）、宫颈疾病专科诊疗（疫苗、筛查、治疗）等服务项目，为全市妇女健康保驾护航。
生殖医学科
连云港市妇幼保健院生殖医学科是连云港市唯一具备人类辅助生殖技术运行资质的专科，先后入选江苏省妇幼保健重点学科建设单位、连云港市医学重点专科、连云港市科教强卫工程医学创新团队。市生殖健康与不孕症质控中心和市妇幼保健协会全生命周期健康管理委员会的主委单位。先后获得连云港市卫健委*员示范岗、青年文明号、巾帼建功集体等多项荣誉。
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