扁平疣是由HPV病毒感染所致，因而治疗上主要围绕如何抗HPV病毒、以及如何改善局部外观进行展开。具体分为药物治疗、手术治疗、物理疗法、光动力疗法等几种。
药物治疗：水杨酸（常用，以促进表皮剥脱来发挥作用）、维A酸类药物（通过调节上皮增殖、皮肤免疫发挥作用）、3%酞丁胺霜、5%咪喹莫特软膏（激活机体免疫功能）、干扰素凝胶（抗病毒药物）、氟尿嘧啶软膏（可有色素沉着，慎用）、3%酞丁胺二甲基亚砜等。上述药物均为外用，目前尚无有效抗HPV病毒的内用药物。用药需在医师指导下使用，切勿自行治疗！
手术治疗：自体疣免疫疗法。将自体疣埋植于脂肪层，使机体产生相应的抗体等免疫因子，进而对机体的HPV病毒进行灭杀。
物理治疗：主要适用于疣数量较少的患者，可通过电灼、激光、冷冻等清除疣体。
光动力疗法：通过局部涂抹光敏剂，然后进行特定光谱光照的方法使感染的细胞死亡。
预后：扁平疣病程较长，部分可自愈。自愈或治愈后，部分可复发。
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