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代谢组样本收集攻略大全一 [复制链接]

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Hello,小伙伴们,今天小编为大家分享动物、植物、细胞系、尿液代谢组样本搜集方法。篇幅有限,血清、血浆、粪便、微生物的样本搜集方法将于下周为您分享~

一、动物组织类样本收集参考步骤

1.样品量要求

GC-MS,LC-MS实验mg/sample。

2.样本收集步骤

1)如果组织上有血,用生理盐水漂洗掉。

2)根据具体实验设计取特定的部位,mg/sample装入离心管中。

3)标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min,-80°C冻存;干冰寄送。

二、植物类样本收集参考步骤

1.叶片、茎、花

1.1样品量要求

GC-MS,LC-MS实验mg/sample。

1.2样本收集步骤

取整片叶片/一段茎/一朵花,用锡箔纸包裹并标记后,迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。取出后迅速放入自封袋中(每组一袋),在自封袋中放入标签纸注明样本信息。迅速放入-80°C冻存,干冰寄送。

1.3注意事项

1)采集叶片样本时,最好在中午光照好的时间收集。

2)要根据实验设计,采集样本时保持样本一致性,尤其是同一组样本(如颜色、衰老程度、叶脉占比、光照、位置等)。

2.根

2.1样品量要求

GC-MS,LC-MS实验mg/sample。

2.2样本收集步骤

1)取整株植物的根部,迅速用1*PBS漂洗掉根上的泥土。

2)根据具体实验设计取植株根特定的部位,mg/sample装入离心管中。

3)标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。-80°C冻存,干冰寄送。

2.3注意事项

1)PBS漂洗要快。

2)由于根部组织特别脆弱,被挤压后会变成浆糊状,所以推荐保存至离心管中,而不是锡箔纸包裹。

3.果实、种子

3.1样品量要求

GC-MS,LC-MS实验~mg/sample。

3.2样本收集步骤

1)对于含多汁、块头较大的果实(番茄、西瓜、苹果等)需要先用锋利的刀分割成“均匀”合适的小块(≈mg/sample)分装至2mL离心管中,标号后迅速放入液氮中冷冻处理。

2)对于细小的颗粒种子(拟南芥种子、谷物种子等),可以先将同一组的植株种子混匀后再分装(≈mg/sample)至离心管中,标号后迅速放入液氮中冷冻处理。

3)对于要求对整个果实进行提取的(整粒葡萄等),需要把果实装在50mL离心管中/自封袋中,标号后迅速放入液氮中冷冻处理。

3.3注意事项

1)对多汁的果实进行取样很难保持均一性(如番茄、皮、果肉、果瓤、籽的占比),建议将整个果实进行研磨、冻干,对粉末进行称重分装。

2)不推荐用锡箔纸包裹。

三、细胞样本收集参考步骤

适用细胞类型:哺乳动物细胞系

1.样品量要求

1*cell/sample,提供2份样本。

2.样本收集步骤

1)使用细胞计数器测定细胞数量,计算出所需淬灭缓冲液的量。以细胞数量1*为例,使用50mL圆锥形管一次处理样本最大量为8mL,若样本量8mL,就分开做;淬灭过程时间敏感,最好两个人操作。

2)将5倍样本体积的淬灭缓冲液加入50mL圆锥形管中。

3)在低温恒温器上预冷淬灭缓冲液至-40°C{淬灭缓冲液:60%(v/v)甲醇+0.85%(wt/v)碳酸氢铵(pH7.4,使用12M的盐酸调节pH)}。如果没有低温恒温器,可用干冰代替,并用低温温度计检测温度。

4)吸取1体积的细胞样本(1*),加入到盛有淬灭缓冲液的管中央,温度必须维持在-40°C左右,低于-45°C时,会导致细胞破碎,保证淬灭处理迅速。

5)手摇动混匀,不要用vortex。

6)g离心1min。

7)去除上清,当上清被去除干净后,继续贴壁吸取5s以保证上清完全被去除,因为粘在壁上的上清回落,会对后继操作带来负面影响。

8)使用μL-80°C的甲醇将细胞重悬,并转移到1.5mL的离心管中,标号后迅速放入液氮中冷冻处理,-80°C冻存,干冰寄送。

3.注意事项

1)淬灭缓冲液pH值要在每次适用前重新测定调整。

2)建议使用-40°C冰柜操作。

四、尿液样本收集参考步骤

1.样品量要求?

1mL/例。

2.样本收集步骤

晨起中段尿(临床)或晨间1h尿(动物)直接分装到离心管中,每管1mL,添加质量体积为0.5/(w/v)的叠氮化钠,-80°C冻存,干冰寄送。

3.注意事项

1)动物1h尿量不够,可分多次收集,若要收取24h尿液,请使用带有低温装置的代谢笼收取,并添加叠氮化钠。

2)叠氮化钠的作用是防腐杀菌,有*,请万分小心。

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参考文献

[1]DeVosRC,MocoS,LommenA,etal.Untargetedlarge-scaleplantmetabolomicsusingliquidchromatographycoupledtomassspectrometry[J].NatureProtocols,7,2(4):-.

[2]KimHK,ChoiYH,VerpoorteR.NMR-basedmetabolomicanalysisofplants[J].NatureProtocols,,5(3):-49.

[3]SellickCA,HansenR,StephensGM,etal.Metaboliteextractionfromsuspensionculturedmammaliancellsforglobalmetaboliteprofiling[J].NatureProtocol,,6(8):-9.

[4]BeckonertO,KeunHC,EbbelsTMD,etal.Metabolicprofiling,metabolomicandmetabonomicproceduresforNMRspectroscopyofurine,plasma,serumandtissueextracts[J].NatureProtocol,7,2(11):-.

转录调控业务线韩兰兰丨文案

王迪丨编辑

配图来源于网络,侵删

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